Afin d'assurer une mise en œuvre optimale et efficace de son Contrat de Gestion, l'IFAPME analyse et évalue son fonctionnement en permanence. Ce contrôle indépendant et objectif s'opère dans le cadre d'une Charte d'Audit Interne approuvée le 25 septembre 2008 par le Comité de Gestion de l'IFAPME.
L’Audit Interne aide l’IFAPME à atteindre ses objectifs, définis par le Gouvernement, notamment au travers du Contrat de Gestion, des lettres de mission et plans opérationnels de ses mandataires et des priorités politiques complémentaires (telles que le Plan d’Actions Prioritaires pour l’Avenir de la Wallonie ou les actions "pénuries").
Il s’y emploie par l’analyse et l’évaluation permanente, indépendante et objective, de l’existence et du fonctionnement du système de contrôle interne, de management des risques et de gouvernance de l’Institut et de son réseau de Centres de formation.
L'Audit Interne contribue à la création de valeur ajoutée, en émettant des recommandations sur les améliorations à apporter, afin d’aider la direction et le personnel à s’acquitter efficacement de leurs responsabilités.
Le contrôle interne est un processus, exercé en commun par le management (Direction générale, responsables hiérarchiques) et tous les collaborateurs, pour donner une assurance raisonnable quant à la réalisation des objectifs de l’IFAPME en tant qu’organisation (atteinte des missions, efficacité et efficience dans l’utilisation des ressources, fiabilité des flux d'information, respect du cadre légal externe et des règlements internes, protection des actifs).